العينة(Sample) :
يتميز المجهر الإلكتروني الماسح بأنه لا تحتاج العينات فيه إلى كثير من التجهيز وبالأخص المواد الموصلة للكهرباء, يمكن إضافة أفلام دقيقة فوق السطوح العازلة بعدة تقنيات (Sputtering, Vacuum Evaporation) , هناك بعض المواد التي تحتاج تجهيزات خاصة بها مثل البودرة, فبطبيعتها المواد امطحونة أو الموجودة على شكل البودرة تتكتل لوحدها لتخفيض طاقتها الكيميائية, فهي كباقي المواد تميل لخفض طاقتها, ويمكن حل هذه المشكلة بعمل بسيط جدا مثل إضافة بعض الأسيتون إلى العينة لتخفيض طاقتها دون تكتلها.
هناك الكثير من المعلومات التي يمكن للباحث أن يعرفها من خلال استخدام المجهر الإلكتروني, بالذات و في أيامنا هذه يزود المجهر بكثير من الإضافات و الأجهزة الجانبية التي تقوم بتحاليل أخرى, لكني ساذكر هنا التحاليل الرئيسية المرتبطة بالمجهر الإلكتروني الماسح فقط.
ألإلكترونات الثانوية(Secondary Electrons) :
هي المصدر الرئيسي للمعلومات و الصور الناجمة عن سطح العينة, و قد تكون أهم ما يميز المجهر الإلكتروني. و هي مصدر الصور المكبرة الدقيقة و الواضحة لسطوح العينات. تتكون الإلكترونات الثانوية من إلكترونات ذات طاقة منخفضة(>0.5 Kev) اصتدمت بسطح العينة و فقدت معظم طاقتها الحركية, و هي تخترق سطوح العينات فقط, ولا تدخل إلى أعمق من ذلك داخل العينة.
الإلكترونات المرتدة :(Back Scattered Electrons)
و هي الإلكترونات التي تخترق إلى أعماق العينة و تكون ذات طاقة عالية حتى بعد اصتدامهاا بالعينة, و تقدم معلومات عن ما يوجد بقلب المادة حيث كلما كانت الذرات أثقل(رقمها الذري أكبر) كانت صورتها أوضح.